يشكل التعاون بين الأمانة العامة لاتحاد الغرف الخليجية والأمانة العامة لمجلس التعاون لدول الخليج العربية أحد روافد العمل المشترك بين الجانبين، وخاصة ما يتعلق بشئون القطاع الخاص. وقد دأبت الأمانة العامة للاتحاد في تنظيم لقاءات سنوية مع مسؤولي الأمانة العامة لمجلس التعاون لدول الخليج العربية منذ أكثر من إحدى وعشرين عاما، وذلك بحضور رؤساء وأعضاء إتحاد الغرف الأعضاء. وتخلل اللقاء الثاني والعشرون الذي عقد في المنامة بمملكة البحرين بتاريخ 2/2/2007م العديد من المواضيع ذات الطابع المشترك التي تهم الجانبين وخاصة رجال وسيدات الأعمال في القطاع الخاص، والتي استأنفت الأمانة العامة للاتحاد تنفيذ ما صدر عنها من قرارات وتوصيات..

ويتحقق التعاون بين الأمانة العامة للاتحاد والأمانة العامة لمجلس التعاون الخليجي من خلال الاليات التالية:

1- النشاطات الثنائية المشتركة

2- المشاركة المتبادلة في الانشطة والفعاليات التي ينظمها كل منهما

3- تأسيس اللجنة الخليجية المشتركة لمعوقات التبادل التجاري